Wydział Filozofii Chrześcijańskiej Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie wraz z całą uczelnią podejmuje dziedzictwo Akademii Teologii Katolickiej, na której był obecny od chwili jej powołania uchwałą Rady Ministrów z 2 sierpnia 1954 roku. Uchwała ta była jednym z działań skierowanych przeciwko Kościołowi katolickiemu, jakie podejmowały ówczesne władze Polski Ludowej. Równocześnie usuwała ona bowiem Wydział Teologii Katolickiej z Uniwersytetu Warszawskiego, na którym był obecny od chwili jego powstania w 1816 roku. Podobnie ówczesna Rada Ministrów postąpiła z Wydziałem Teologicznym Uniwersytetu Jagiellońskiego, włączając go – mocą uchwały z 11 sierpnia 1954 roku – do ATK. Tak oto profesorowie filozofii wydziałów teologicznych obu uniwersytetów znaleźli się w gronie pierwszych wykładowców Wydziału Filozofii Chrześcijańskiej ATK, które z biegiem lat bogaciło się o nowe postacie wybitnych myślicieli i nauczycieli akademickich. Zaszczytem dla Wydziału Filozofii Chrześcijańskiej UKSW jest to, że w poczet swoich profesorów i wykładowców może zaliczyć m. in. ks. prof. Piotra Chojnackiego, ks. prof. Kazimierza Kłósaka, ks. prof. Józefa Iwanickiego, ks. prof. Józefa Szuletę, prof. Wiktora Wąsika, prof. Juliusza Domańskiego, prof. Bolesława Gaweckiego, ks. prof. Tadeusza Ślipko, ks. prof. Mariana Jaworskiego, obecnego kardynała i metropolitę lwowskiego obrządku łacińskiego, ks. prof. Bronisława Dembowskiego, byłego biskupa włocławskiego, prof. Henryka Stonera, ks. prof. Mieczysława Lubańskiego, ks. prof. Szczepana Ślagę, prof. Andrzeja Półtawskiego, prof. Mieczysława Gogacza, ks. prof. Kazimierza Kloskowskiego.

Przez długi czas Wydział Filozofii Chrześcijańskiej prowadził tylko jeden kierunek studiów. Była nim filozofia. W 1982 roku usamodzielniła się specjalność psychologiczna i został powołany drugi kierunek studiów – psychologia. W podobny sposób ze specjalności ekologii człowieka i bioetyki w 2002 roku wyodrębnił się trzeci kierunek studiów – ochrona środowiska, a w 2008 r. - biologia. Są one odpowiednio przyporządkowane trzem instytutom: Instytutowi Filozofii, Instytutowi Psychologii oraz Instytutowi Ekologii i Bioetyki.

Wydział ma prawo do doktoryzowania i habilitowania z filozofii i psychologii